Tercer hijo del rey Carlos VII de Nápoles y V de Sicilia (futuro rey Carlos III de España) y de María Amalia de Sajonia. Hermano del rey Carlos IV de España. Sobrino del rey Fernando VI de España. Padre de María Amalia de Borbón-Dos Sicilias (futura reina consorte de Francia). Tío del rey Fernando VII de España. Abuelo de la archiduquesa María Luisa de Austria, emperatriz consorte de los Franceses. Bisabuelo de la emperatriz Carlota de México.
Recibió tratamiento de infante de España por gracia de su tío el rey Fernando VI.
En 1751 recibió la Orden del Toisón de Oro.
En 1759 cuando su padre Carlos ascendió al trono español, abdicó en favor de Fernando de acuerdo con los tratados que prohíben la unión de las dos coronas.
El 10 de agosto 1759 Carlos sucedió a su hermano mayor, Fernando VI, convirtiéndose en el rey Carlos III de España, pero las disposiciones del tratado le hizo inelegible para mantener las tres coronas.
Desde 1759 fue rey del Reino de Napolés con el nombre de Fernando IV. Rey de Sicilia con el nombre de Fernando III. También fue rey de Gozo. Como aún menor de edad, gobernó bajo un consejo de regencia establecido por su padre y dirigido por el ministro Bernardo Tanucci, que descuidó completamente su educación.
Estuvo principalmente interesado por la caza y la pesca, así como por el trato con las gentes del pueblo, que le adoraban y le apodaron el "rei nasone", por su notable nariz borbónica.
En 1767 terminó su minoría de edad.
En 1767 su primer acto como rey fue la expulsión de los Jesuitas.
En octubre de 1767 la archiduquesa Josefa de Austria que estaba destinada a casarse con Fernando IV de Nápoles, como parte de una alianza con España, falleció durante una epidemia de viruela. Ansioso por salvar la alianza Austro-Española, el rey Carlos III de España (padre de Fernando), solicitó otra hermana como reemplazo; la emperatriz María Teresa de Austria ofreció negociar en nombre de la de Nápoles, con María Amelia y María Carolina. María Amelia era cinco años mayor que el hijo de Carlos III, y este optó por la segunda. María Carolina reaccionó mal a su compromiso, llorando, suplicando y diciendo que los matrimonios napolitanos tenían mala suerte.
El 7 de abril de 1768 contrajo matrimonio por poder con María Carolina de Austria.
La esposa viajó desde Viena a Nápoles, deteniéndose en el camino en Mantua, Bolonia, Florencia y Roma. Entró en el Reino de Nápoles el 12 de mayo de 1768, desembarcando en Terracina, donde se despidió de sus acompañantes connacionales. Desde Terracina, ella y el resto de su séquito, que incluía a su hermano el Gran Duque de Toscana y su esposa María Luisa de España, se aventuraron a Poztella, donde conoció a su marido, a quien encontró "muy feo".
En 1768 se celebro su boda con María Carolina de Austria (hija de la emperatriz María Teresa de Austria y hermana del emperador José II y de María Antonieta), con quién tiene 18 hijos (María Teresa, María Luisa, Carlos Francisco, María Ana, Francisco Genaro, María Cristina, María Cristina Amelia, Carlos Genaro, José Carlos, María Amelia, una niña muerta al nacer, María Antonia, María Clotilde, María Enriqueta, Carlos Genaro, Leopoldo Juan, Alberto Luis y María Isabel). La viruela endémica hizo que ocho de sus hijos murieran.
El 6 de junio de 1772 en Nápoles, nació su hija María Teresa de las Dos Sicilias o María Teresa de Borbón-Dos Sicilias.
El 27 de julio de 1773 en Nápoles, nació su hija Luisa María Amelia Teresa de las Dos Sicilias o Luisa de Borbón-Dos Sicilias.
El 4 de enero de 1775 cuando María Carolina dio a luz a su primer hijo varón, Carlos Francisco, se convirtió en consejera de estado y tomó una posición ventajosa de influencia política.
El 12 de noviembre de 1775 en Nápoles, nació su hija María Ana de Borbón-Dos Sicilias y Habsburgo-Lorena, quien falleció a causa de la viruela el 22 de febrero de 1780.
El 14 de agosto de 1777 nació su hijo Francisco Genaro José de Borbón (futuro rey Francisco I de las Dos Sicilias).
Desde 1778 Carolina gobernó sola Nápoles y Sicilia, asistida por su favorito inglés, de origen francés, John Acton, 6th Barón.
El 17 de diciembre de 1778 falleció a causa de la viruela su hijo Carlos Francisco duque de Calabria.
El 19 de enero de 1779 nació su hija María Cristina Amelia Teresa de Borbón-Dos Sicilia.
El 12 de abril de 1780 nació su hijo Carlos Genaro Francisco de Borbón-Dos Sicilias, quien falleció a causa de la viruela el 1 de enero de 1789.
En 1781 nació su hijo José Carlos, quien falleció a causa de la viruela en 1783.
El 26 de abril de 1782 nació su hija María Amelia Teresa de Borbón-Dos Sicilias.
En 1783 nació una hija muerta.
El 14 de diciembre de 1784 nació su hija Maria Antonietta Teresa Amelia Giovanna Battista Francesca Gaetana Maria Anna Lucia conocida como María Antonia de Nápoles. Recibió ese nombre en honor a la hermana favorita de su madre, la desafortunada reina María Antonieta de Francia.
En 1786 nace su hija María Clotilde, quien muere a causa de la viruela en 1792.
En 1787 nace su hija María Enriqueta, quien muere a causa de la viruela en 1792.
En 1788 nace su hijo Carlos Genaro, quien muere a causa de la viruela en 1789.
El 2 de junio de 1790 nace su hijo Leopoldo Juan José Miguel de Borbón-Dos Sicilias.
El 15 de agosto de 1790 en Nápoles, su hija Luisa de Borbón-Dos Sicilias se casó por poderes y después en persona el 19 de septiembre de 1790 en vieja, con el archiduque de Austria y Gran Duque Fernando III de Toscana.
El 15 de septiembre de 1790 su hija María Teresa de las Dos Sicilias contrajo matrimonio con el archiduque de Austria, Francisco (futuro emperador Francisco I de Austria).
El 2 de abril de 1792 nace su hijo Alberto Luis de Borbón-Dos Sicilias, quien muere a bordo del HMS Vanguard, un buque de la armada real británica el 25 de diciembre de 1798.
En 1793 se alió con Gran Bretaña.
En 1793 nació su hija María Isabel, quien falleció en 1801.
Colaboró en la coalición contra la República francesa hasta la paz de 1796.
En 1798 marchó contra los franceses.
El 29 de noviembre de 1798 entró en Roma.
El 23 de diciembre 1798 a bordo del barco de Nelson, el HMS Vanguard huyó a Palermo, Sicilia, dejando a su reino en un estado de anarquía.
El 21 de enero de 1799 el Reino de Nápoles fue abolido y reemplazado por la República Partenopea, tras expulsar a los borbones, su duración sería efímera, pues Fernando IV recuperó su trono el 13 de junio de 1799.
El 6 de octubre de 1799 Carlos abdicó sus títulos napolitanos y sicilianos a favor de su tercer hijo Fernando, porque su hijo mayor Felipe había sido excluido de la sucesión debido a enfermedades y su segundo hijo Carlos (futuro rey Carlos IV) era heredero de la corona española.
Durante seis meses de 1799 fue depuesto del trono de Nápoles, por el revolucionario República partenopea. Fernando fue el fundador de la cadete Casa de Borbón-Dos Sicilias.
El 4 de octubre de 1802 en Barcelona, su hija María Antonia se casa con con Fernando, príncipe de Asturias (futuro rey Fernando VII de España), al mismo tiempo que su hijo mayor, el príncipe heredero Francisco de Nápoles, se casaba con la infanta española María Isabel de Borbón.
El 19 de septiembre de 1802 en Viena, falleció su hija Luisa María Amelia Teresa de las Dos Sicilias o Luisa de Borbón-Dos Sicilias.
El 26 de diciembre de 1805 Napoleón Bonaparte declaró Fernando depuesto de nuevo y lo reemplazó con su propio hermano José Bonaparte el 30 de marzo 1806.
El 27 de diciembre de 1805 Napoleón Bonaparte destrona al rey Fernando IV de Borbón-Dos Sicilias (sucesor e hijo del rey Carlos III de España) del reino de Nápoles.
El 23 de enero de 1806 huyó a Palermo, adonde lo alcanzaría su esposa e hijo.
El 14 de febrero 1806 el ejército francés entró de nuevo en Nápoles. Napoleón declaró que la dinastía Bourbon-Dos Sicilias había perdido la corona, y proclamó su hermano José rey de Nápoles y Sicilia. Fernando continuó reinando sobre el segundo reino (convirtiéndose en el primer rey de Sicilia en siglos a residir en realidad existe) bajo la protección británica.
El 21 de mayo de 1806 en Madrid, España, falleció su hija María Antonia de Borbón-Dos Sicilias.
El 6 de abril de 1807 en Palermo, su hija María Cristina de Borbón-Dos Sicilias se casa con el príncipe Carlos Félix de Cerdeña, que se convirtió en rey inesperadamente, cuando sus dos hermanos mayores abdicaron.
El 13 de abril de 1807 en Viena, falleció su hija mayor María Teresa de las Dos Sicilias o María Teresa de Borbón, última emperatriz consorte del Sacro Imperio Romano Germánico (1792-1806) y la primera emperatriz consorte de Austria.
En 1808 Luis Felipe de Orleans desembarcó en Palermo, donde se encontraba la corte del rey Fernando I de las Dos Sicilias ante la presión de las fuerzas napoleónicas, allí conoce a la princesa María Amelia de Borbón-Dos Sicilias, con la que se casa en 1809.
En 1808 Joachim Murat que había sucedido a José Bonaparte como rey de Sicilia, fue derrocado.
El 25 de noviembre de 1809 en Palermo, su hija María Amelia de Borbón-Dos Sicilias se casa con el duque de Orleans, Luis Felipe.
Entre 1809 y 1812 dejó las riendas del gobierno en manos de su hijo, el príncipe Francisco.
El 11 de marzo de 1810 Napoleón Bonaparte se casa por poderes con su nieta, la archiduquesa María Luisa de Austria (hija de María Teresa de las Dos Sicilias), en presencia de Louis-Alexandre Berthier, representante del emperador de los Franceses.
El 2 de abril de 1810 en la Capilla del Louvre en París, se casa con la archiduquesa María Luisa de Austria, con quién tiene a su hijo Napoleón II; ya que Josefina de Beauharnais no le podía dar un hijo, el heredero al trono.
Fernando volvió a Nápoles.
El 20 de marzo de 1811 su nieta, la emperatriz María Luisa, tiene a su hijo Napoleón Francisco José Carlos Bonaparte, rey de Roma (futuro Duque de Reichstadt), conocido como Napoleón II.
El 8 de septiembre de 1814 en el Palacio de Schönbrunn en Viena, falleció su esposa María Carolina de Austria.
El 27 de noviembre de 1814 en Palermo, se casa con Lucía Migliaccio de Floridia.
En 1815 Fernando fue restaurado por segunda vez después de la victoria de Austria en la Batalla de Tolentino (3 de marzo 1815) sobre su rival el rey Joachim I.
En 1815 tras la deposición del general Murat, Fernando hizo una entrada triunfal en Nápoles.
Desde 1816 fue rey de las Dos Sicilias, después de su restauración por la victoria en las guerras napoleónicas.
El 8 de marzo 1816 se fusionó el trono de Sicilia y Nápoles en el trono de las Dos Sicilias.
En 1816 en Nápoles, se terminó la Iglesia de San Francesco da Paola (San Francisco de Paula) de estilo neoclásico, como exvoto, para Fernando por su regreso.
El 28 de julio de 1816 en el Palacio de Schönbrunn, su hijo Lepoldo de Borbón-Dos Sicilias se casó con la archiduquesa María Clementina de Austria (hija de María Teresa de Borbón-Dos Sicilias).
En 1816 el Congreso de Viena, por intervención directa del rey Luis XVIII de Francia, reconoció definitivamente el título de rey de las Dos Sicilias con el nombre de Fernando I, por decreto de 8 de diciembre.
El 12 de diciembre de 1816 proclamó el reino de las Dos Sicilias.
En julio de 1820 una revuelta militar estalló bajo el mando del general Guglielmo Pepe, obligando a Fernando a firmar una constitución tomando el modelo de la Constitución española de 1812.
En 1821 con ayuda de la Santa Alianza, logró revocar la Constitución de 1820.
Después una revuelta en Sicilia a favor de la recuperación de su independencia, fue suprimida por las tropas napolitanas.
En 1823 le regala a su esposa, un gran parque en la colina Vomero conocido como "Villa Lucía".
Fue enterrado en la Basílica de Santa Chiara en Nápoles.
Fue sucedido por su hijo Francisco I. Su hija María Antonia fue princesa de Asturias, como primera consorte del príncipe Fernando (futuro rey Fernando VII de España). S
u hija María Amalia de Borbón-Dos Sicilias llegó a ser reina consorte de Francia (9 de agosto de 1830 - 24 de febrero de 1848).
